Dem ursprünglichen Planfeststellungsbeschluss lag eine „Gefährdungsabschätzung/Vorprüfung“ in Bezug auf damals noch nicht an die EU-Kommission gemeldete FFH-Gebiete zugrunde. Erst nach Planfeststellungserlass wurden die Gebiete im Dezember 2004 in die Liste der Gebiete von gemeinschaftlicher Bedeutung aufgenommen. Ferner wurde das Elbtal zwischen Schöna und Mühlberg unter Aussparung eines Teils der Elbwiesen in der Innenstadt von Dresden zum Europäischen Vogelschutzgebiet erklärt.
Der Kläger ist ein in Sachsen anerkannter Naturschutzverein. Er hatte gegen den Planfeststellungsbeschluss im April 2004 Klage vor dem Verwaltungsgericht Dresden erhoben. Einen zugleich gestellten Antrag auf Eilrechtsschutz hat das Sächsische Oberverwaltungsgericht im November 2007 unter Auflagen für den Fledermausschutz endgültig abgelehnt. In der Folge wurde das Bauwerk zwischen Ende 2007 und 2013 fertig gestellt und in Betrieb genommen. Parallel zu den Bauarbeiten und dem laufenden Klageverfahren nahm die Landesdirektion Dresden mit Änderungsbescheid vom 14. Oktober 2008 eine Neubewertung der FFH-Verträglichkeit vor. Diese führte nunmehr zur Annahme einer erheblichen Beeinträchtigung und damit zu einer Ausnahmezulassung nach Art. 6 Abs. 4 FFH-Richtlinie.
Das Verwaltungsgericht Dresden wies die Klage mit Urteil vom 30. Oktober 2008 ab und ließ die Berufung zu. Im Laufe des Berufungsverfahrens wurde der Planfeststellungsbeschluss im Jahre 2010 erneut unter Inanspruchnahme einer Ausnahme nach Art. 6 Abs. 4 FFH-Richtlinie geändert.
Mit Urteil vom 15. Dezember 2011 hat das Sächsische Oberverwaltungsgericht die Berufung des Klägers zurückgewiesen und gleichzeitig die Revision wegen grundsätzlicher Bedeutung der Rechtssache zugelassen. Der Kläger rügt mit seiner Revision Verfahrensverstöße des Oberverwaltungsgerichts sowie Verstöße des Planfeststellungsbeschlusses gegen das Naturschutzrecht, insbesondere das FFH- und das Vogelschutzrecht.
Das Bundesverwaltungsgericht hat das Verfahren nach Durchführung einer mündlichen Verhandlung im März 2014 ausgesetzt und dem Europäischen Gerichtshof verschiedene Fragen zur FFH-Richtlinie vorgelegt (Beschluss vom 6. März 2014 - BVerwG 9 C 6.12 - vgl.Pressemitteilung 19/2014). Der Gerichtshof hat mit Urteil vom 14. Januar 2016 - C-399/14 - über die Vorlage entschieden. Dabei hat er klargestellt, dass die Ausführung eines Projekts, das - wie im vorliegenden Fall - vor einer Gebietsausweisung genehmigt wurde, nach der Gebietslistung unter das sogenannte Verschlechterungsverbot des Art. 6 Abs. 2 dieser Richtlinie fällt. Ein solches Projekt darf nur dann fortgesetzt werden, wenn eine Verschlechterung der Lebensräume und eine Störung von Arten ausgeschlossen ist.
Das Bundesverwaltungsgericht ist zu dem Ergebnis gekommen, dass sich im vorliegenden Fall aus dem Verschlechterungsverbot eine Pflicht zur Durchführung einer nachträglichen FFH-Verträglichkeitsprüfung ergibt. Da das Vorhaben über eine Ausnahme nach Art. 6 Abs. 4 FFH-Richtlinie zugelassen werden soll, muss diese den Anforderungen des Art. 6 Abs. 3 FFH-Richtlinie entsprechen. Eine solche Untersuchung fehlt bislang. Ferner fehlt eine den gesetzlichen Anforderungen entsprechende artenschutzrechtliche Prüfung. Demgegenüber konnte der Kläger mit weiteren Einwendungen nicht durchdringen.
Die Landesdirektion Dresden hat nun ein ergänzendes Verfahren durchzuführen, um die festgestellten Mängel zu beheben. Die weitere Nutzung der Brücke bis zum Abschluss dieser Prüfung war nicht Gegenstand des Revisionsverfahrens vor dem Bundesverwaltungsgericht.