Die geschützten Arten wie Lachs, Flussneunauge oder Meerneunauge passieren das Kraftwerk auf ihrer Wanderung von der Nordsee zu den etwa 30 Natura-2000-Gebieten im Einzugsgebiet der Elbe stromaufwärts von Hamburg. Die zur Kühlung des Kraftwerks erforderliche Wasserentnahme ist schädlich für diese Tiere. Bei der Genehmigung des Kraftwerks hat Deutschland es versäumt, die in der Richtlinie vorgesehene Prüfung vorzunehmen und nach alternativen Kühlverfahren zu suchen, durch die das Sterben der betreffenden geschützten Arten vermieden werden könnte.
Im November 2014 wurde eine mit Gründen versehene Stellungnahme an Deutschland gerichtet. Angesichts der anhaltenden Weigerung Deutschlands, mögliche Alternativen zu prüfen, hat die Kommission beschlossen, gegen Deutschland ein Verfahren beim Gerichtshof der Europäischen Union anzustrengen.
Die Europäische Kommission hat im Monat März wieder rechtliche Schritte gegen die Mitgliedstaaten eingeleitet, die ihren Verpflichtungen aus dem EU-Recht nicht ordnungsgemäß nachkommen. Mit einem Vertragsverletzungsverfahren können die EU-Kommission und die Mitgliedstaaten Verstöße eines Mitgliedstaates gegen das EU-Recht geltend machen.
Ein Vertragsverletzungsverfahren besteht aus drei Stufen. Wenn die Kommission vermutet, dass europäisches Recht nicht fristgemäß, unvollständig oder überhaupt nicht in nationales Recht umgesetzt wurde, sendet sie im Vorverfahren zunächst ein Fristsetzungsschreiben/Mahnschreiben, in dem sie einen Mitgliedstaat auffordert, innerhalb einer bestimmten Frist zu einem aufgetretenen Problem der Anwendung des Unionsrechts Stellung zu nehmen. Die zweite Stufe ist die mit Gründen versehene Stellungnahme. Hier wird der Mitgliedstaat aufgefordert, den Verstoß innerhalb einer bestimmten Frist abzustellen. Kommt der Mitgliedstaat dem nicht nach, kann die Kommission ein gerichtliches Verfahren vor dem EuGH einleiten. Wenn der Gerichtshof eine Vertragsverletzung feststellt, kann er z.B. ein Zwangsgeld oder andere Strafzahlungen verhängen.